「一切眾生皆有佛性」成為佛學的重要課題，是始於東晉末年。《大般涅槃經•北本》在公元421年由曇無懺譯出後，便一直延續至隋、唐。
鳩摩羅什在公元405年譯出龍樹菩薩的《大智度論•卷十四》中：「思惟眾生之中，佛種甚多，若我瞋意向之，則為瞋佛；若我瞋佛，則為已了。」可以看出佛性並不是人人皆有的；而此觀點在《中論•觀四諦品》也有提及「雖復勤精進，修行菩提道，若非先佛性，不應得佛道。」此段道出得成佛道的先決條件是佛性，但如果一切眾生的佛性本已具有，則又何須把佛性設定為成佛的條件而多此一舉呢？
慧立於公元688年為其師玄奘法師所撰的傳記《大唐大慈恩寺三藏法師傳》中記述：「人來禮拜，皆於欄外，不得近像。所奉香花亦並遙散。其得花住菩薩手及掛臂者，以為吉祥，以為得願。法師欲往求請，乃買種種花穿之為鬘，將到像所，至誠禮讚訖向菩薩。跪發三願：一者於此學已，還歸本國得平安無難者，願花住尊手。二者所修福慧願生覩史多宮事慈氏菩薩，若如意者願花貫挂尊兩臂。三者聖教稱眾生界中有一分無佛性者，玄奘今自疑不知有不，若有佛性修行可成佛者。願花貫挂尊頸項。語訖以花遙散。咸得如言。既滿所求歡喜無量。」異族禮拜以鮮花遙散祈福庇佑，如鮮花能挂上菩薩像便視為吉兆，玄奘法師因自疑是否有佛性亦隨俗散花祈菩薩啓示。由此可見自《大般涅槃經》譯出，雖歷兩百多年「一切眾生皆有佛性」在大乘中依然是一個懸而未決的課題。
為了調和此矛盾，南北朝出現了佛性「本有」和「當有」之辯。本有者認為眾生本有佛性，贊同一切眾生皆有佛性之說，《大般涅槃經》便是最有力的支持；而當有者則認為佛性是當有，即佛性是應理而當有和佛性本有相對立，具體意思是：佛性對眾生而言是經後天的修行或善業而得的，此說的有力支持是竺道生撰的《佛性當有論》（已佚）。唐 均正撰《大乘四論玄義•卷八》亦云：「本有佛性，則無生無滅故本來是常，井始造，非終成也。故經云，本自有之，非適今也。……本有於當，謂眾生本來必有當成佛之理，非今始有成佛之義。」雖說本有佛性但亦非等同本有成佛之義，「本有於當」意思是還需要看一定的條件，眾緣和合之時便應當有成佛之理。
法相宗的五種性理論中其一是無種性眾生，此類眾生本來沒有無漏種子，不具斷除煩惱障得證涅槃成佛的可能，種性理論出於法相宗所尊《瑜伽師地論》，故不得不對佛性深入剖析引入「理佛性」和「行佛性」理論，期與「一切眾生皆有佛性」有所融通。窺基《成唯識論掌中樞要》：「涅槃據理性及行性中少分一切唯說有一。」佛性可分理、行二性，只因理佛性是一切眾生皆有而行佛性只某些一切眾生中具有，故涅槃經方便說之佛性唯一。吉藏《大乘玄論》對理、行二種佛性的解釋是：「佛性有二種，一是理性，二是行性。理非物造，故言本有，行藉修成，故言始有。」理佛性非由外鑠，眾生本自有之；行佛性憑藉修行，須視修為成果始能言之。成佛與否非單由眾生皆有的理佛性而定，還要看行佛性的有無，由此「一切眾生皆有佛性」和法相宗「無種性」的不協調得以消弭。
一切眾生是否皆有佛性？不管是贊成或否定，都能在經論中找到支持的論據，要得到一致看法並非易事。與其在此問題上無休止的論辯，不如把目光從「是否」移到「如何」之上。首先從前述玄奘法師因自疑是否有佛性，而隨異俗散花祈菩薩給予啓示此事中，我們可以清楚知道佛性不是只排斥一闡提人，即是只有那些誹謗正法、做五逆罪等之人被定性為不具佛性。玄奘法師如此誠心向佛、捨命求法也不能確定自己是否有佛性，那一般凡夫眾生又怎會知道自己是否有佛性呢？對一個沒有答案的問題來繞圈子何嘗不是一種虛妄執著呢？而龍樹菩薩《中論》所云：「雖復勤精進，修行菩提道，若非先佛性，不應得佛道。」表面看是對佛性的正面肯定，但若仔細思考其中深意，我們可以看到這句中提出了如何得佛道的兩個條件：一是佛性、二是修行菩提道；其中佛性是必要條件，修行菩提道是充分條件。簡而言之，要得佛道必定要先具佛性，但修行菩提道仍然是不可或缺。如玄奘法師所言，我們是沒有辦法知道自己有否佛性，與其迷於是否有佛性此問題上踟躕不前，倒不如當下把握自力，精進修行菩提道才是邁向佛道的正途。
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