《解深密經》為瑜伽行派所依六經之一，是研究瑜伽行派思想的重要文獻；亦代表了唯識思想的源流。部分學者認為此經最早形成時，各品是先後、獨立地流通的，後來以「解深密」這個主題為中心，而被編集起來，成為《解深密經》。由佛陀悟道、說法、入滅、《四阿含經》的部派而發展到小乘有教和大乘空教，亦逐漸形成大、小乘不同派系之間強烈對立的矛盾。小乘人斥大乘非佛說，而大乘更稱小乘人為「焦芽敗種」。根據學者的考證，《解深密經》出現的時間應該在《般若經》之後，也就是處於這種大、小乘對立的時期。

經中以「三自性」及「三無性」之密意思想作為主幹而作出「三時判教」[1]，兩者主要在「一切法相品」及「無自性相品」中加以闡說；而「一切法相品」在先，「無自性相品」在後。這「三自性」是對向於存在的相而說的，是認識上的三種境相；亦涵攝了一切諸法的性質。然後就以「三自性」作為基礎，進一步建構「三無自性性」，以回應《般若經》一切諸法皆空之思想。就經中對這「三自性」及「三無自性性」的內容可以整理綜合如下 :

這就是於分別意識所現起的種種「相」上，安立種種名相的語言。所以「遍計所執相」其實就是「語言相」，也就是表達諸法的語言。這種「語言相」就只有言說聲音，沒有任何一種實體可與之對應；所以這法所顯現的相更是任何時間都不存在，是「常非有」。既然是「語言相」，就沒有實體可與之對應，只是以假立的名言概念為相；並不是以語言所表示的諸法自身為相，這就當然是「相無自性」。

「依他起相」就是緣生的諸法，靠眾緣力而生，依存於他緣，沒有獨立自存的性質及實體。於此「依他起相」上「遍計所執相」的語言，如果不能了知是假名安立而執取為實有，就成為後時雜染「依他起相」的諸法。「依他起」的事相由眾緣和合而起，其本性不外是眾緣所成，並非自然存在，所以是「生無自性」。就染淨的性質來說，於「依他起性」上執著「遍計所執性」的語言，由此熏習而成雜染的「依他起相」，這是沒有「勝義」的性質；所以，「依他起性」亦是「勝義無自性」。

於眾生的雜染諸法，沒有語言相上的執取，就可證得諸法的真如無差別平等體性。於「依他起性」上不執著「遍計所執性」的語言，清淨的「圓成實性」才能顯現。諸法的「圓成實性」就是「法無我」性，即無實自體的性質，也是「無自性性」，這是「勝義」的。

由以上的綜合整理，可以得知重點是在「遍計所執相」上。世人都執著種種言說概念為真實，顛倒地將「事」變成「想事」；以為這種「語言相」就是眾緣所生的雜染世界。無執取的聖者，就確知「語言相」的錯亂不實，證得「圓成實相」的清淨相。這就如龍樹菩薩般若中觀思想所說的「世俗諦」中的「假名」及「戲論」。無執取的聖者，以無漏智證知「語言相」的錯亂不實，而得「圓成實」的清淨相。清淨的「圓成實相」是離言的，是絶諸戲論的；但聖者為了向眾生開示，不得不借助語言的施設來加以說明。

由眾緣力而生的雜染諸法，《解深密經》名之為「依他起相」，說明其依存於他緣，沒有獨立自存的性質。這種「依他起相」是「生無自性」的，這種「生無自性」就揭示了原始佛教時對蘊、處、界等諸法無常的道理。「依他起相」也是「勝義無自性」的，它沒有「勝義」因為它是雜染的諸法，這就承接了龍樹菩薩中觀對惑、業、苦及生死流轉的思想。

就《解深密經》而言，般若經典只是將「一切法皆無自性」籠統的說出來，是「隱密」說而不是「顯了」說；並沒有把「三性」、「三無自性性」的概念揭露及分析。因此《解深密經》便以分解的表達分式，即是以「三性」及「三無自性性」分析地鋪展一切法「無自性」之意涵，使般若經典的「無自性」得以顯明。

根據林鎮國在其〈解釋與解脫——論《解深密經》的詮釋學性格〉一文中指出[2] :

     「初期大乘瑜伽行派理論的建立，一方面接納般若空性思想的立場，卻又同時批判般若經的辯證論述方式。……初期大乘瑜伽行派認為，作為分析架構的理論有助於空性思想的解明，而般若經卻缺乏分析架構，甚至於一開始即對所有的理論架構採取解構的態度，只以辯證的方式來表達對實相的直觀。就其表達方式之為非分解的、辯證的，解深密經判它為「隱密說法」；而就其為「隱密說法」，判為不了義；亦即，空性思想尚未被明確地解明。相對的，初期大乘瑜伽行派採取理論建構的進路，試圖「顯了」被隱覆於般若經辯證詭辭下的空性思想。」

《解深密經》中「三自性」的密意是「遍計所執相」、「依他起相」及「圓成實相」。這密意是依靠「相無自性性」、「生無自性性」及「勝義無自性性」的顯示而得了知；而繫結這「三無自性」的就是「一切法無自性」。從這種結構便可見《解深密經》中的「三性」及「三無自性性」的概念除了說法方式及語言詮釋的不同外，事實上亦已修正了《般若經》中的「性空」思想，更細緻地把「無自性」的意涵闡述出來。所謂的「解深密」不外乎是對於在《般若經》中已說過，而又由龍樹所確立的大乘空性說，加深其意義，但是說法必須適應根機，所以佛陀要對機說法。從這個角度來看，《般若經》與《解深密經》兩者間嚴格來說不是有不同的旨趣，而只是為了適應不同眾生而有不同的表述方式；換言之，是以聽法眾生之根機因而有「顯了」與「隱密」的不同，與及「了義」與「不了義」[3]的區別。《解深密經》中的「三時判教」就是為了顯示出初時、二時所談的《阿含》、《般若》是部分真實，而非全真實之中道，是隱密地說「一乘法」；而非公開顯了宣說「一乘法」，是有上有容的「密意」言教。

[1] 《解深密經》中的三時判教分別為: 第一時為聲聞乘說法(亦稱阿含時)；第二時為趣向大乘說法(亦稱般若時)；第三時為趣向一切乘說法。

[2] 林鎮國（1992）：〈解釋與解脫——火論《解深密經》的詮釋學性格〉，《政大文史哲論集》，頁502，政大出版社。

[3] 印順法師在《成佛之道》說 : 「說得顯明易了的，是了義；說得深隱微密的，是不了義。」(頁365)