1954年秋天，印順導師在臺北善導寺開講藥師琉璃光如來本願功德經。導師開始就說，國家多災多難，此時弘揚藥師法門，顯得特別有意義。這道理很明清楚，導師指出種種災難，正是由眾生業力招感，而佛教本著拔苦的慈悲心設消災法門，為眾生除障排難。導師講藥師師距今六十六年，際此2020年的藥師聖誕，重溫導師之教，對體解當今世情和佛法勝義，都有重要的啟發。
1934年太虛大師在寧波阿育王寺曾講過一次藥師經，導師就借此機緣，依太虛太師陳述的意思，說明此經大義所在。
導師為我們指出，常人多以為藥師佛主延生，阿彌陀佛主度亡。但其實我們不應忘記，雖說東方藥師如來淨土是為了眾生希求的現生樂而設，而西方阿彌陀佛淨土，則為接引眾生得到後世樂，然而二者都是方便法門，引導眾生趣入大乘，從而步向究竟解脫之道。
印順導師憑藉太虛大師之說而發揚的另一重點，是自度度人的菩薩行。導師指出，常人多只著重藥師如來消災延壽這一方面，而不知如來在過去生中曾發廣大願，行大悲行，始成就佛果，締造清淨光明琉璃世界。其實經中已記載甚詳。因此，眾生在祈求如護祐的同時，應依佛因地所發大願，所行悲行，如法躬行，自淨化他，這樣便和藥師如來深深相應，自身得到利益的同時，亦幫助完成人間淨土。從這點來說，導師所倡的人間佛教和太虛大師的人生佛教是一脈相承的。
所以千萬不要誤會，禮敬藥師如來是為自利，反之這是徹底的菩薩行，因為有如此方便，才能讓眾生容易接受。導師的立說，沒有避開現世已形成的制度，即社會和國家。所以他不只 繫心於一寺一宗，一村一鄉，而一再強調，依藥師大願實行，不但可消除自己的災難，亦可以消除整個國家社會、以至整個世界的災難，把充滿無邊苦難的惡濁世界轉化成莊嚴淨土。
大家都很熟悉，一般佛經開始常有菩薩等禮請佛陀開示起說一節。我們習慣了，有時亦可能忽略了當中深意。其實這代表了諸菩薩和修行者發慈悲心，急欲世尊開示世人的濟世精神。藥師經中由大智曼殊請佛:「世尊！惟願演說如是相類諸佛名號，及本大願殊勝功德，令諸聞者業障消除，為欲利樂像法轉時諸有情故」。
導師說，曼殊代表大智，而菩薩所請法門是慈悲救濟，可見慈悲出於智慧，智慧攝導慈悲，是為佛教的真慈悲。這是利眾的大乘層次。所以說，祈諸藥師佛，不是自求一己的利樂，而是眾生的安樂。
菩薩請佛宣說時，亦有提到為欲利樂「像法」轉時的諸有情眾生而請。佛在世時是正法時代，眾生修學佛法容易受用。過了千年後，像法時代的佛法有些變質了，眾生善根淺，業障重，智慧不足，世界苦難又多，修學不易。此時弘揚大乘尤其重要，因為眾生要得到幫助。再過二千年，像法亦轉入末法時代了，亦即是我們這個時代。眾生善根更淺，煩惱更多，苦痛更深，同時得到智慧不易。佛應曼殊之請，開示藥師法門，正因為現世樂適合此期眾生根器。當然， 打開了方便門之後 佛陀還是要帶領我們進入 究竟的堂奧。
藥師如來發了十二大願，本文不會一一細說。現依照導師的開示，介紹與度眾有關的大乘思想。
第一大願著重眾生平等。如來願來世證道時自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，更願一切有情，如其形相無異。導師指出，眾生界不易得到這種身相的平等。但從一切眾生的佛性而言，則是有可能的。《華嚴經》說：「奇哉！奇哉！一切眾生皆有如來智慧德相，但因妄想執著，未能證得。」意思是相同的，條件是努力修行。
如來第二大願是令「幽冥眾生，悉蒙開曉」，這是度眾的弘願。導師說，這亦即是藥師佛的智光和慈光對眾生的護持。
如來第三大願是「以無量無邊智慧方便，令諸有情，皆得無盡所受用物，莫令眾生有所乏少。」這是涉及世間物質的訴求。導師也十分肯定地認許。經說如來是以無邊智慧令眾生無所匱乏。導師指出，人類若增進德性修養，愛人愛群，善於控制，善於運用，物器也有莫大利益！
如來第四大願是「若諸有情行邪道者，悉令安住菩提道中；若行聲聞獨覺乘者，皆以大乘而安立之。」 這很明顯就是強調大聖精神。 導師指出這第四大願有兩點很重要的地方。其一是面對邪道者，曉之以行菩提道的正知正見。其二是面對聲聞獨覺乘者，以大乘安立他們。令他們在大乘法中修習，永不退轉為小乘或凡夫。
如來第五大願是護祐修行梵行眾生，「一切皆令得不缺戒，具三聚戒。設有毀犯，聞我名已，還得清淨，不墮惡趣。」缺戒是指犯戒或僅持部分戒。這樣都不能清淨。三聚戒是指五戒、十戒、二百五十戒等律儀戒; 布施、六度四攝等攝善法戒; 以及饒益有情戒。由於大乘菩薩一切都以利益眾生為前提，如只顧自利而不利他，便屬犯戒。 藥師如來發下這第五願，表面看來持戒是一己之事，但從大乘角度來說，持戒就是 鞭策自己廣度眾生。導師從修行藥師門的角度來解釋，說即是仰仗藥師慈光威德的加被，受戒，或受戒而有所缺犯的，都能得到圓滿受持，具足大乘菩薩的三聚戒，時刻不忘利益眾生。
如來的第六大願是最為流衍於世間眾生的願望，也就是拯救身體殘缺和病苦之願。經文說: 「若諸有情，其身下劣，諸根不具，醜陋、頑愚、盲、聾、瘖、瘂、攣、躄、背僂、白癩、癲狂、種種病苦；聞我名已，一切皆得端正黠慧，諸根完具，無諸疾苦。」對於此願，導師十分理解。眾生之中，誰不想身體健康，無諸疾苦？但導師同時開示，諸根完具，無諸疾苦，該是指「身心端嚴的理想人生」。人間佛教的理想，亦包括這一願望。
如來第七大願與前一願緊密相連。此願是「若諸有情，眾病逼切，無救無歸，無醫無藥，無親無家，貧窮多苦，我之名號，一經其耳，眾病悉除，身心安樂，家屬資具，悉皆豐足，乃至證得無上菩提。」導師說明，此也是眾生都得到健康快樂之願，但與前一願不同: 前願重於身體上各種疾病，這一願說一般病苦，而且重視貧病。導師又說，有些人由於因緣不足，福德薄劣，故而貧窮孤苦。佛陀對於孤苦貧病格外關懷，在世時鼓勵社會贈醫施藥，救濟貧病，以為佛弟子法。導師亦在這講中，勉勵佛子效法釋尊和藥師的本願，隨分隨力去做。
藥師如來其餘大願，即第八到第十二願，包括轉女成男願、回邪歸正願、從縛得脫願、得妙飲食願和得妙衣具願，若從表面來看都與個人利益有關。然而如來施設方便門，最終目的還是引領眾生修習菩薩行，速證無上正等菩提。
而對於禮敬和修行藥師法門的眾生而言，意義在於得到自身健康和安樂，速證菩提，同時在菩提路上廣度眾生。亦只有如此發願，才能契合和相意藥師如來的大願，因而得到加被。
按印順導師的理解和發見，這十二大願的第一大願總說生佛平等，提綱挈領，繼而是思想的正確，行為的合理，生活的豐富，缺陷的彌補，病患的救治，苦痛的予樂，且又重視衣食等物質生活，教育、健康和正常的娛樂，以達到人類的和樂生存。據此，導師通過藥師經的詮釋，指出修行佛法不只為了死後，而是同時對現生、現世、自己和大眾都有助益。
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