上回緣起分已敘述釋迦牟尼佛說這經的因緣及主旨，接著佛陀開示這經的中心主題，即正宗分的內容及綱要。
正宗分
上半部分的綱要，佛陀先開示藥師佛行菩薩道時所立下的十二大願，及藥師佛依據十二大願的躬行實踐，而證得佛果的正報及依報。藥師佛的正報是焰網莊嚴的佛身，依報是依之而住的果報，即「東方淨琉璃世界」的報土及眷屬。我們的正報是五蘊的身體行為，依報是所居住的娑婆世界。每個人的身體健康情況及依報的環境，各有不同，是由於眾生的果報正體，由過去不同的業因召感得來。如果大家心存善念，我們居住的依報世界，也會變得更美好。
「殑伽」是印度聖河──恆河(Ganga)的音譯，以恆河中的沙粒數量比喻眾多的意思。「土」或「剎」，(梵文kṣētra)，是世界或地方的意思。一個「佛土」，即一個「大千世界」。從我們這個娑婆世界往東面，過了十個恆河沙那麼遠的「佛土」，便是「藥師琉璃光如來」現處的報土「淨琉璃」世界。
佛陀以佛的十大通號尊稱藥師佛，來稱讚藥師佛的功德。
佛的十大通號[1]
1.「如來」是佛的通稱。[2]
2.「應」，佛功德圓滿，為人天作大福田，應受人天供養；又應已斷淨煩惱，不再受生死。
3.「正等覺」，梵語Samyak-saṁbuddha，音譯作「三藐三菩提」。覺即覺悟，能通達一切法相，遠離一切顛倒。「正覺」，可通小乘；大乘稱「正等覺」，「等」是普遍的意思，「正等覺」即普遍的覺了一切法真性。
4.「明行圓滿」，或譯作「明行足」；圓滿具足的意思。「明」是智慧，「行」是布施持戒等萬行；佛的福德智慧，自利利他功德，一切圓滿具足。
5.「善逝」，逝，即去的意思，也就是入涅槃。佛不離生死而證菩提，不捨眾生而般涅槃，故名「善逝」。
6.「世間解」，對世間事理，眾生苦本，苦因，以及滅苦的方法，離苦的究竟處，都明達了解。
7.「無上士」，士是「士夫」，佛獨尊天上人間，故稱無上士。
8.「調御丈夫」，佛善巧調御教化眾生。
9.「天人師」，佛不但教化人類，也同樣教化諸天，是人天導師。
10.「佛」即是覺者，能究竟覺悟生命的奧秘，並覺察世出世間的種種法相。
11.薄伽梵，或意譯作「世尊」，是佛的十大通號的總稱。[3]
「『曼殊室利！彼世尊藥師琉璃光如來，本行菩薩道時，發十二大願，令諸有情，所求皆得。』」
「琉璃光」的名號比喻藥師佛具備的智慧，才可成就十二微妙上願而證得佛果。淨土法門著重「信、願、行」，藥師佛在因地時發的十二大願，是願力。願求須躬行實踐，才能成就。實踐需要智慧及憑藉三種力量： (一)、自力，行者的功德力；(二)、佛的加持力；(三)、法界力，心、佛、眾生的法性平等不二，眾生可感佛的可能，諸佛菩薩也有隨感而應的可能性。
藥師佛的十二大願
藥師佛的十二大願，均是拔濟眾生現實世間中的苦惱及生活所需而發，可以歸納為「苦、集、滅、道」的「四聖諦」:
藥師佛的十二大願[4] 第一願、生佛平等願 第二願、開曉事業願 第三願、無盡資生願 第四願、安立大道願 第五願、戒行清淨願 第六願、諸根具足願 第七願、身心康樂願 第八願、轉女成男願 第九願、回邪歸正願 第十願、從縛得脫願 第十一願、得妙飲食願 第十二願、得妙衣具願 依四聖諦 滅諦，利樂眾生 滅諦，利樂眾生 道諦，利樂眾生，著重慧學 道諦，利樂眾生，著重定學 道諦，著重戒學 苦諦，身體殘障之濟拔 苦諦，關懷貧病的救濟 苦諦，尊重女性平等 集諦，導入正見，改邪歸正 苦諦，釋除刑戮及災難之苦 苦諦，著重基本民生及教育 苦諦，照顧其他生活所需
此下是十二大願的內容：
「第一大願：願我來世得阿耨多羅三藐三菩提時，自身光明，熾然照耀無量無數無邊世界，以三十二大丈夫相，八十隨形好，莊嚴其身；令一切有情，如我無異。」
「第一大願」是「生佛平等願」。藥師佛在因地行菩薩道時發願，若將來成佛時，一切有情的報身也如藥師佛一樣，光明如火燄，具有印度公認的三十二大人勝相，及身體具有八十種德相圓滿莊嚴的形態。「阿耨多羅三藐三菩提」，梵語 anuttara-Samyak-saṁbuddha的音譯，意思是「無上正等正覺」，唯有已修行至成佛，才能證得。
第一大願顯示佛的法性身，與眾生是平等的，眾生也可成佛。也顯示藥師佛的慈悲，不會專享其獨具的萬德莊嚴的報身，而是希望令一切眾生也具足，令一切眾生也成佛，所以是「滅諦」。
「第二大願：願我來世得菩提時，身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢，光明廣大，功德巍巍，身善安住，燄網莊嚴，過於日月；幽冥眾生，悉蒙開曉，隨意所趣，作諸事業。」
「第二大願」是「開曉事業願」。「菩提」同上文「阿耨多羅三藐三菩提」。藥師佛將來得「菩提」時，即是成佛時。
「身如琉璃，內外明徹，淨無瑕穢」是形容藥師佛的報身，如琉璃寶般，清徹光明，沒有瑕疵，表示藥師佛的自覺清淨功德境界。若我們經常憂心忡忡，心中又多貪瞋痴煩惱念頭，面上也容易呈現不悦之色，所以眾生的報身難有佛的莊嚴相。
「光明廣大，功德巍巍，身善安住，燄網莊嚴，過於日月」是形容藥師佛的法身。藥師佛無量「功德」如須彌山般「巍巍」不動，「燄網」是曙光初露的光線，交織成網，形成莊嚴的法身，安住其中。藥師佛的佛身光明，比日月的光明更熾盛地照耀著眾生。
光明代表智慧，令眾生破除黑暗愚痴，可以隨著自己的意趣，開曉他們所樂意的種種資生事業。
（待續）
[1] 雖稱十號，然一般皆列舉十一名號，將世間解、無上士合為一號，或將佛、世尊合為一號，或將無上士、調御丈夫合為一號等。(參照《佛光大辭典》)
[2] 前文已釋，參照佛經選讀──《藥師經》(二)
[3] 前文已釋，參照佛經選讀──《藥師經》 (三)
[4] 十二大願名稱，參照印順導師著:《藥師經講記》
