中觀、唯識，是印度大乘佛學的兩個重要學派，又稱為「空」、「有」二宗。常言道：「空、有二輪不能偏廢。」但唯識學往往使人卻步，其名相概念繁多，不易暗記；而論證深細，後學嘆謂繁瑣；探究法義之演化流變，又如入五里霧中，當中識分說的分歧，孰「真」孰「假」，難定一尊，非非之辯，久歷不絶。從《瑜伽師地論》，至論師輩出，唯識學的發展延綿幾百年，十大論師詮釋固然不同，其論述資料又殘缺散佚，後學有如管中窺豹，不得其法。故此，求學者務須認識各各系統的說法、關係、異同，漸次學習，方可得其旨趣。

瑜伽行派思想雖始於《瑜伽師地論》，但以《解深密經》來說明該派早期的思想則較為簡明。《解深密經》第二品〈心意識相品〉解釋輪迴主體的問題；第三品〈一切法相品〉及第四品〈無自性相品〉以三自性及三無性去說明解脫的原理，亦由此去調和「空」、「有」之間的關係；第五品〈分別瑜伽品〉，以禪修經驗推論出「唯識所現」這一說法。可見，瑜伽行派成立之初，並未以「阿賴耶識」為核心思想去解釋一切問題，而是以三種不同的理論去解決三個問題。所以早期瑜伽行派並非以「唯識學」為宗。待發展至《唯識三十頌》，以「阿賴耶識」統攝所有理論，才確立以「唯識」為宗的旨趣。

在輪迴主體的問題上，基於「無我」而說「輪迴」，一直是佛教的困局。從部派所言的「無表色」、「細心」、「一味蘊」、「色心互持種子」等等理論，都試圖去解決。到了《解深密經》，提出「阿陀那識」這一說法。

經中云：「於六趣生死，彼彼有情墮彼彼有情眾中，或在卵生，或在胎生，或在濕生，或在化生身分生起，於中最初一切種子，心識成熟展轉和合、增長、廣大。……廣慧！此識亦名阿陀那識，何以故？由此識於身隨逐執持故。」阿陀那（ādāna）有執持之意，即執持種子、根身、習氣等等，於六趣中隨逐流轉，以此成為輪迴之主體。

後來，這個輪迴的主體被稱為「阿賴耶識」或「阿黎耶識」ālaya-vijñāna，其意為「藏」，即有「能藏」、「所藏」、及「執藏」（種子）之意。功能相近，所以玄奘法師一系認為兩者只是名異，而為同一識。《大乘成業論》：「能續後有能執持身故，說此名阿陀那識；攝藏一切諸法種子故，復說名阿賴耶識；前生所引業異熟故，即此亦名異熟果識。」但「阿陀那識」在《攝論》中，是「無明我執之依止」，故「攝論師」及「地論師」皆認為「阿陀那識」是「染污意」，而輪迴的主體則為「阿黎耶識（阿賴耶識）」。真諦譯《攝大乘論釋》：「故知此定有染污識，由我執恆相隨，……若離無明則無此事，此無明若離依止則不得有，此無明依止，若離阿陀那識，無有別體。」但《唯識三十頌》則以「末那識」為「染污意」：「是識名末那，依彼轉、緣彼（阿賴耶）。」故此，阿陀那識、阿賴耶識、末那識，三者在瑜伽行派的理論的發展中，有著互相補足、替代的關係，不同經典所言皆有所差別。

三自性的內容亦有所變遷，其中以「遍計所執自性」較為明顯。《解深密經》：「云何諸法遍計所執相：謂一切法名假安立自性差別，乃至為令隨起言說。」在此經中，遍計所執自性，指在諸法上假名安立，顯示出各各之自性差別。菩薩明白一切法「假名安立」而了知一切法皆「無相」，即能斷雜染流轉之法，清淨解脫亦由此而得。所以真諦法師在《三無性論》中，把「遍計所執自性」譯為「分別性」，其中並沒有執的意味。但到了《攝大乘論》，較為「中性」的性質，變為帶有雜染與虛妄，周遍計度而有執著的意味。《攝論》云：「無量行相意識遍計、顛倒生相故，名遍計所執。」後來《成唯識論》更言：「周遍計度，故名遍計。品類眾多，說為彼彼。謂能遍計、虛妄分別。即由彼彼虛妄分別，遍計種種所遍計物。謂所妄執蘊處界等若法若我自性差別。此所妄執自性差別、總名遍計所執自性。」玄奘法師用後期帶有「虛妄雜染」意味的「遍計執」去翻譯前期較「中性」的「假名安立」這性質，在理解上，會令後學有些困難。而其餘兩種自性亦有類似情況。

「唯識」在早期經典中，是一種止觀的經驗。《解深密經・分別瑜伽品》曰：「世尊，諸毘鉢舍那三摩地所行影像，彼與此心當言有異？當言無異？佛告慈氏菩薩曰：善男子，當言無異。何以故？由彼影像唯是識故。善男子，我說識所緣，唯識所現故。……此中無有少法能見少法，然即此心如是生時，即有如是影像顯現。」在定（三摩地）中所觀（毘鉢舍那）的「境」（影像），「唯」是「識」之所現，即「識」生時，有所見的影像生起，所見者非外物，而只是「以心見心」，並未涉及識外的「事」存在與否的討論，純為禪觀之說明。到了《攝大乘論》，把這種理論推演到非禪觀的情況，即凡夫所見的「境」，也是「唯識所現」。《攝論》：「於定心中隨所觀見諸青瘀等所知影像，一切無別青瘀等事，但見自心。由此道理，菩薩於其一切識中，應可比知皆唯有識，無有境界。」《成唯識論》更認為外在世界（器世界）及自身的生命（根身及心）等一切皆由阿賴耶識所變現而起，故說「萬法唯識」，不獨指心所見的內境由識所現。《成唯識論》：「阿賴耶識因緣力故自體生時，內變為種及有根身，外變為器⋯⋯所言處者，謂異熟識由共相種成熟力故變似色等器世間相，即外大種及所造色。雖諸有情所變各別，而相相似處所無異，如眾燈明各遍似一，誰異熟識變為此相，有義一切，所以者何？如契經說，一切有情業增上力共所起故。」在此，又扣回業力論上，復以阿賴耶識成輪迴主體。

由此可見，不同時期的經論，不同的論師，不同的譯師，三者交織出整個瑜伽行派的理論，使其極為錯綜。以漢文學習時，多以奘師所傳的護法論師系統為中心，即以後期唯識觀點去說明各期或各傳承的經教，對後學實在有很大的困難，唯有清楚各系統的脈絡，理清其關係與流變，才能減少學習唯識學時產生的混亂和困難。